علامه محمدتقی جعفری در ۲۵ آبان ۱۳۷۷شمسی درگذشت.
محمدتقی جعفری در ۲۵ آبان ۱۳۷۷ش درگذشت، آیت الله عبدالله جوادی آملی بر او نماز خواند و در مشهد در حرم امام رضا(ع) در دارالزهد به خاك سپرده شد . بنابر اسناد ساواك، در جلسات محمدتقی جعفری، عموماً جوانان و دانشجویان شركت می‌كردند. ساواك در سال ۱۴۴ش او را احضار و تأكید كرد كه در درس‌های خودتان نسبت به شاه مطلبی نگویید و به اسرائیل حمله نكنید. ماموران ساواك می‌گفتند: او با همین حركت جوهری و همین حرف ها، جوانان را به مبارز تبدیل می‌كند و به جان حكومت می‌اندازند .
